Tenés 2 formas,
La primera para modificar tu wad, lo que haces es abrir un wad que ya tengas (por ejemplo uno del editor oficial) , entonces abrís ese wad, y del lado derecho abrís archivo was que descargaste de internet, empezas a copiar la cosas a tu wad, y luego pones "save wad" (el lado izquierdo) y listo, vas a la carpeta del TRLE yabrís el Tomb2pc y compilas el nivel y listo.
La segunda es para crear un wad, así que del lado izquierdo no abrís nada y del derecho lo que bajaste, copias las cosas, y luego "save wad" le pones el nombre y listo.
Saludos!