Es raro, las texturas se van sólo si modificas el proyecto o el archivo TGA.
Es decir no puede ocurrirte que se cambien las texturas al modificar el base.
Haz lo que te han dicho, prueba solamente con un programa, en este caso diría que el Wadmerger.
No sé si ya está posteado, pero es tarde para leer todo jeje
así que te explico que si usas el Wadmerger, una vez que pasas todo y salvas el Wad,
debes ir a la carpeta TRLE y abrir el tomb2pc y compilar el archivo TOM de tu nivel base.
Es decir, abres el wad (supongamos tut1.tr4) le agregas los objetos, click en "save wad" cierras el Wadmerger,
vas al tomb2pc, en Edit Script, seleccionas ADD, eliges el archivo (en este caso tut1.TOM) y click en BUILD ALL.
Y listo, los objetos deberías de aparecer.